后來，張繼等人也來勸他，宋教仁這才回到上海參加同盟會在哈同花園舉行的孫中山歡迎會。但在幾個關鍵性問題上，宋教仁與孫中山等人存在嚴重的分歧，如政權組織形式上，宋教仁主張內閣制，孫中山等多數(shù)人主張總統(tǒng)制；在中央與地方問題上，胡漢民主張地方分權，而宋教仁主張中央集權；在定都問題上，宋教仁堅持己見，主張定都北京，他認為遷都南京即為放棄蒙滿，而以他在東北的經(jīng)驗，對日俄之野心極其明了。

盡管宋教仁在南京臨時政府的成立過程中起了重大作用，但孫中山被推選為臨時大總統(tǒng)后，宋教仁僅被任命為法制院院長，很多人為宋教仁未能擔任內務總長而抱屈，但宋教仁卻不以為意：“總長不總長，無關宏旨。我素主張內閣制，且主張政黨內閣，如今七拼八湊，一個總長不做也罷。共和肇造，非我黨負起責任，大刀闊斧，鼎故革新，不足以言政治。舊官僚模棱兩可，畏首畏尾，哪里可與言革命、講共和？”

清帝退位后，孫中山按約定辭去臨時大總統(tǒng)，袁世凱與總理唐紹儀提名他做農林總長，但這個職位也未能讓宋教仁感到滿意。而且，首任內閣未及三個月，唐紹儀即與袁世凱鬧矛盾掛冠而去，宋教仁與其他同盟會籍的總、次長也隨后辭去了內閣職務。

1912年8月，宋教仁主持了解散同盟會并與統(tǒng)一共和黨、國民公黨、國民共進會、共和促進會合并成立新的“國民黨”的工作，以圖在之后的國會選舉中實現(xiàn)真正的政黨內閣。

對解散同盟會的舉動，很多革命黨人都不能理解，宋教仁向他們耐心的解釋說，“以前，我們是革命黨；現(xiàn)在，我們是革命的政黨。以前，我們是秘密的組織；現(xiàn)在，我們是公開的組織。以前，是舊的破壞的時期，現(xiàn)在，是新的建設的時期。以前，對于敵人，是拿出鐵血的精神，同他們奮斗，現(xiàn)在，對于敵黨，是拿出政治的見解，同他們奮斗……。我們要在國會里，獲得過半數(shù)以上的議席，進而在朝，就可以組成一黨內閣，退而在野，也可以嚴密監(jiān)督政府，使它有所憚而不敢妄為，該為的，也使它有所憚而不敢不為……。”

在宋教仁與其他革命黨人的共同努力下，國民黨在之后的選舉中贏得了空前的勝利，而宋教仁極有可能出任新的內閣總理。但誰也沒有想到的是，1913年3月22日，就在宋教仁準備從上海火車站北上之時，一顆罪惡的帶毒的子彈結束了他年輕的生命。

頗令人費解的是，在國民黨選舉勝利并有望組織責任內閣的“大好形勢”下，國民黨的名義領袖孫中山卻對此十分冷淡，他沒有就組閣問題發(fā)表意見，甚至有意與宋教仁避而不見。

1913年2月13日，宋教仁自漢口沿江東下，于2月15日抵達上海，當時住在黃興家中。最吊詭的是，1976年中華書局出版的《孫中山年譜》中竟然沒有1913年3月27日之前的任何行蹤記錄，而1912年的記載幾乎詳細到了每一天。

事實上，孫中山系2月10日乘山城丸赴日本進行考察訪問，他為何不肯稍作停留等待宋教仁來滬商議組閣問題而非要急匆匆的趕赴日本進行并不急切的考察呢？

據(jù)《長沙日報》的報道，1913年1月8日，宋教仁在湖南都督譚延闿主持的國民黨湖南支部歡迎會上演說時，宋談到了黃興、譚人鳳、孫武、居正、黎元洪、袁世凱及自己對于辛亥革命的貢獻，而對于名聲在外的同盟會領袖孫中山卻只字未提。

次日，宋教仁在湖南鐵道協(xié)會歡迎會上更是對孫中山的“十年十萬里”鐵路計劃予以商善意的嘲諷：“前孫先生發(fā)表六大干線，有贊成者，有待籌商者，但是孫先生對于內地經(jīng)歷尚少，必須考驗測量乃能得其要領。”

在宋教仁死去十年后，孫中山派系的人馬（粵系）仍對原華興會的宋教仁、黃興等人（湘系）耿耿于懷，如1923年11月，孫中山在廣州的一次演說中，依然強調自己當年不甘心被“宋教仁、黃興等一般舊革命黨人”所制；而自命為孫中山接班人的戴季陶，其在《三民主義之哲學的基礎》一書中更是以背叛革命、背叛黨魁的道德罪名對宋教仁實施政治清算：“用丟了革命性和主義的一群政治勢力集團為基礎，去與反革命的官僚妥協(xié)，以圖在短時期內掌握政權。公平的批判起來，革命黨的第一個罪人，實在是桃源漁父！” (責任編輯：鑫報)