據(jù)宋教仁的記載，他在得知了孫、黃爭執(zhí)后感到心灰意冷，他在《民報(bào)》社向黃興提出辭去同盟會(huì)職務(wù)及《民報(bào)》職務(wù)，黃興開始不應(yīng)，過了一會(huì)，突然也提出要退會(huì)，當(dāng)時(shí)《民報(bào)》的諸革命黨人俱在。第二天，宋教仁果然如日記中說的那樣向孫中山當(dāng)面辭職并轉(zhuǎn)交文件，孫文一直挽留，宮崎滔天也仍舊想撮合他們關(guān)系，但此時(shí)宋的去意已決。
眼看事情越鬧越大，黃興為了大局，只好自己退讓一步，他事后向胡漢民寫信表示愿意服從孫中山的決定。盡管如此，他本人仍舊“意頗怏怏”。“爭旗”事件對(duì)同盟會(huì)的發(fā)展影響頗大，黃興這一退，以后便一直以大局為服從，但宋教仁等人就未免與孫中山及他的廣東人馬心存芥蒂了（所謂“燒炭黨人”，即太平軍“粵匪”之譏也）。
宋教仁與孫中山的齬齟由來已久。在日本外務(wù)省政務(wù)局跟蹤宋教仁的秘密檔案中，就保存有宋教仁對(duì)孫中山的一些印象不佳的看法，如1908年11月23日，宋教仁曾說：“像孫逸仙那樣的野心家做領(lǐng)導(dǎo)人，中國革命要達(dá)目的，無論如何也是不可能的”；1910年12月，宋教仁與日本朋友串戶真左樹的談話中說：“孫逸仙已是落后于時(shí)代的人物，不足以指導(dǎo)革命運(yùn)動(dòng)。”
1910年12月，宋教仁結(jié)束了近六年的流亡生涯返回上海，在于右任的邀請(qǐng)下，他擔(dān)任了《民立報(bào)》的主筆并寫下了大量的革命評(píng)論。次年3月，宋教仁趕赴香港，參與籌備同盟會(huì)的廣州起義，但由于指揮上的混亂與倉促，當(dāng)宋教仁、何天炯、陳其美這路人馬在4月27日凌晨抵達(dá)廣州城時(shí)，只見城門緊閉，起義已然失敗。宋教仁等人無奈之下，只好再經(jīng)香港返回上海。
黃花崗起義的失敗對(duì)同盟會(huì)構(gòu)成了沉重的打擊，其不僅損失了數(shù)十名寶貴的精英分子，而且革命士氣幾近于摧毀。事后，革命黨內(nèi)部彌漫著一種絕望的氣氛，如起義的指揮者之一趙聲不久后即郁郁而終，而一向穩(wěn)重的黃興也不顧自己被炸斷兩根手指而執(zhí)意要去行刺李準(zhǔn)——當(dāng)時(shí)的廣東水師提督，鎮(zhèn)壓起義的罪魁禍?zhǔn)?。自始即不贊成暗殺活?dòng)的胡漢民，這次居然也表示贊成。
宋教仁素有大志，他曾在1902年就放言：“天下苦滿政久矣。若有英雄起，雄踞武昌，東扼九江，下江南；北出武勝關(guān)，斷黃河鐵橋；西通蜀；南則取糧于湘。系鄂督之頭于肘，然后可以得志于天下矣”，可笑同游們還諷其為“狂生”。鑒于北方的保守勢力過于強(qiáng)大，宋教仁、譚人鳳、陳其美等人于1911年7月31日組織“中部同盟會(huì)”，試圖以長江中下游地區(qū)為重點(diǎn)，培植革命力量，伺機(jī)發(fā)動(dòng)起義。此時(shí)距武昌起義僅有兩個(gè)月零十天。
武昌起義后，宋教仁與黃興等人到達(dá)武漢，據(jù)隨同前往的日本浪人北一輝回憶，宋教仁當(dāng)時(shí)以留日學(xué)生領(lǐng)袖的身份活躍于革命黨人陣營，他“一路行來，從未有疏離之感。且不論革命軍中的高級(jí)干部如上海的陳其美、漢陽的黃興以及他所追隨的宋教仁等都是留日學(xué)生外，他在武昌都督府眼見留學(xué)生如潮水般的從日本趕回內(nèi)地，晉見宋教仁等待分配工作等實(shí)況也在提示他，這是一場由留日學(xué)生發(fā)起的革命”。
北一輝抵達(dá)中國后的第一封書函，就是向內(nèi)田良平提到他在上海的觀察，他發(fā)覺中國革命的大本營設(shè)在《民立報(bào)》，而《民立報(bào)》的革命同仁在籌劃各地革命起義時(shí)，無一不是按宋教仁原先所規(guī)定的方案執(zhí)行。按照北一輝的說法，報(bào)社內(nèi)同仁動(dòng)輒就舉宋教仁之名以為背書，無論行何事，皆稱是宋先生之意辦理。
抵達(dá)武昌后，宋教仁最初協(xié)助胡瑛辦理外交，之后起草了一份革命史上至為重要的文件，那就是《鄂州約法》，這也是中國歷史上第一部共和制憲法性文件，之后的《臨時(shí)約法》即以此為藍(lán)本。但不幸的是，首義地武昌的局勢在北洋軍的攻擊下迅速惡化，宋教仁與黃興等人在事無可為的情況下相繼回滬，并協(xié)調(diào)江浙聯(lián)軍于12月2日攻下南京，扭轉(zhuǎn)了岌岌可危的革命形勢。在新成立的江蘇都督府中，宋教仁擔(dān)任政務(wù)廳長，并打算推舉黃興為革命政府的新領(lǐng)導(dǎo)人。
對(duì)于歸來中的革命領(lǐng)袖孫中山，宋教仁似乎仍抱有成見。據(jù)北一輝在《支那革命外史》中的記載，宋教仁并不歡迎孫中山的到來，當(dāng)北一輝從上海到南京去勸說他擁護(hù)孫中山時(shí)，宋教仁氣得滿臉通紅：“老兄你也學(xué)日本浪人的那一套嗎？你的大元帥主張誤了事，黃興的優(yōu)柔寡斷又誤了事，孫中山的空想再來誤事的話，革命將怎么辦呢？黃興食言不來也無所謂，我有兵力，決不允許孫派的人踏進(jìn)城門一步！” (責(zé)任編輯：鑫報(bào))
