它淵源于西域土著民族文化，又深受伊斯蘭文化的影響。根據(jù)傳說，葉爾羌汗國的拉失德汗與妻子阿曼尼莎汗邀集汗國各地熟悉木卡姆的民間藝人，在音樂家喀迪爾汗。葉爾羌的主持下，對當(dāng)時散失的木卡姆進(jìn)行了一次系統(tǒng)的加工和整理，使木卡姆得以定性和發(fā)展。

　　"木卡姆",為阿拉伯語，意為規(guī)范、聚會等意，這里轉(zhuǎn)意為大曲，是穆斯林諸民族的一種音樂形式，十二木卡姆就是十二套大曲，這十二套大曲分別是：拉克、且比亞特、木夏吾萊克、恰爾尕、潘吉尕、烏孜哈勒、艾且、烏夏克、巴雅提、納瓦、斯尕、依拉克等木卡姆。維吾爾十二木卡姆的每一個木卡姆均分為大乃額曼、達(dá)斯坦和麥西熱甫三大部分；每一個部分又有四個主旋律和若干變奏曲組成。其中每一首樂曲既是木卡姆主旋律的有機(jī)組成部分，同時，又是具有和聲特色的獨(dú)立樂曲，為木卡姆伴奏的樂器有沙塔爾、彈撥爾、熱瓦甫、手鼓、獨(dú)他爾等。

　　十二木卡姆的源流，從時代和地域因素上講，一是由古代流傳下來的傳統(tǒng)音樂的基礎(chǔ)上發(fā)展成的套曲和歌曲；二是地方音樂，即庫車、喀什、吐魯番、哈密和和田音樂以及刀郎音樂。這種時代和地域因素相互交織滲透，渾然一體。十二木卡姆還有一些地域性變體，其中比較有名且具一定特色的當(dāng)屬刀郎木卡姆和哈密木卡姆。

　　十二木卡姆又是古典詩歌的音樂表達(dá)形式，十二木卡姆的歌詞主要?dú)w功于察合臺時期著名的詩人魯特菲、納瓦依、諾畢提、麥西熱甫、依瓦依答、傅祖勒等人，自從阿曼尼莎汗將納瓦依、傅祖勒等詩人的許多詩詞填入木卡姆曲調(diào)，后繼的木卡姆音樂家就不斷地用納瓦依、孜萊麗、麥西熱甫等著名詩人的珍貴詩詞來豐富十二木卡姆：如《熱克木卡姆散序》唱的是納瓦依的一首富有哲理性的政治抒情詩：

　　愛的秘密，問那些離散兩絕望的情人；享受的技巧，問那些掌握著幸運(yùn)的人。愛情不貞，就是命運(yùn)對我們的注定；欺騙和背信，問那些缺乏慈愛的人。時間的辛勞使我們消瘦又蒼老；美麗的力量，問那些擁有青春的男女。孤獨(dú)的滋味，富貴有權(quán)的人不懂；窮困的苦楚，流浪者了解得最深。弱者的處境--愛侶們只有等待死亡來臨，誰能下死亡的判決，是那殘橫的暴君。被猜忌的愛侶們所感受的滋味，好人不會知道，要請教我這樣的壞人。朋友們！納瓦依生活在愛的戈壁里，要知道他，去問那里來的旅群。

　　"十二木卡姆"中的達(dá)斯坦部分的唱詞，則是由民間敘事詩組成的，其中包括《艾里甫與賽乃木》、《賽諾拜爾》、《迪拉熱姆》、《巴巴·茹仙》等民間敘事中的代表性片斷。