抗戰(zhàn)的爆發(fā)，使新桂系重新歸屬到蔣介石麾下，白崇禧也被調(diào)到中央效力，先后出任大本營(yíng)副參謀總長(zhǎng)和軍訓(xùn)部部長(zhǎng)等要職。八年抗戰(zhàn)，白指揮過(guò)兩次較大的作戰(zhàn)，一次是代理第五戰(zhàn)區(qū)司令長(zhǎng)官，調(diào)動(dòng)大別山地區(qū)的桂軍積極出擊，策應(yīng)武漢守軍。另一次是指揮桂南會(huì)戰(zhàn)，昆侖關(guān)的大捷，白也起到不小的作用。

　　但是這兩次會(huì)戰(zhàn)，都以失敗告終，尤其是桂南會(huì)戰(zhàn)的失利，白負(fù)有不可推卸的責(zé)任。戰(zhàn)后，他受到了降級(jí)處分。有人說(shuō)臺(tái)兒莊大捷白崇禧也有出力，這或許確有其事，但需要指出的是，臺(tái)兒莊戰(zhàn)役只是徐州會(huì)戰(zhàn)的一個(gè)組成部分，而徐州會(huì)戰(zhàn)的結(jié)果，同樣是失敗了。

　　桂軍參加抗戰(zhàn)之后，白崇禧主張對(duì)怯戰(zhàn)分子予以嚴(yán)懲，尤其是對(duì)一批作戰(zhàn)不力或臨陣脫逃的軍、師、旅、團(tuán)長(zhǎng)或撤職或槍決，這在很大程度上為桂軍的積極抗戰(zhàn)樹(shù)立了正面形象。然而到了抗戰(zhàn)后期，白崇禧也顯露出他私心的一面。

　　比如在1944年的桂柳會(huì)戰(zhàn)中，他將本應(yīng)承擔(dān)防守桂林的幾個(gè)與他有親信關(guān)系的師、團(tuán)長(zhǎng)調(diào)走，并抽出了精銳部隊(duì)以保存元?dú)猓凑{(diào)一個(gè)新兵師來(lái)承擔(dān)守城任務(wù)，這在很大程度上打擊了士氣?？箲?zhàn)勝利之際，白崇禧甚至還違背蔣介石不讓桂軍進(jìn)入南京受降的命令，暗中指示所屬第七軍一個(gè)師進(jìn)城受降，給了蔣記中央一個(gè)難堪。