后來(lái)，兵部“議再征兵二千”,于是“良玉與民屏馳還”.返回石砫之時(shí)；正趕上永寧宣撫使猓玀族的奢崇明起兵叛亂，奢崇明的黨羽樊龍占據(jù)了重慶，聽(tīng)說(shuō)秦良玉帶兵回到了石砫，馬上“赍金帛結(jié)援”,秦良玉大怒道，“我受朝延厚恩，正思報(bào)效國(guó)家，豈能與叛賊為伍！”朝延聞報(bào)后，授秦良玉為都督僉事，拜為石砫總兵官，以示嘉獎(jiǎng)。天啟三年（1623）四月，良玉繼續(xù)領(lǐng)兵攻奢，連下奢軍最后盤據(jù)的遵義、永寧、藺州（今古藺）和九節(jié)灘、紅崖墩、觀音寺、青山墩及江潦48寨，全川平定。奢崇明逃往貴州，勾結(jié)水西（今烏江上游鴨池河以西）土司安邦彥同反。安邦彥自立為羅甸王，招兵買馬，占據(jù)了貴陽(yáng)以西的千里之地。朝廷又詔命秦良玉率白桿軍入黔平亂，白桿軍奮勇作戰(zhàn)，很快就平定了叛亂，殺死了安邦彥，但也賠上了秦民屏的性命。

　　崇禎三年（1630年），皇太極攻榆關(guān)不入，便率十萬(wàn)辮子軍繞道長(zhǎng)城喜峰口入侵，攻陷遵化后，進(jìn)抵北京城外，連克永平四城，明廷大震。清兵趁機(jī)直奔向通州，京師形勢(shì)十分急迫。明朝廷再次詔今天下諸軍鎮(zhèn)邊勤王，秦良玉接旨后，帶領(lǐng)她的白桿兵，日夜兼程趕往京師，并“出家財(cái)濟(jì)餉”,以補(bǔ)朝廷因連年應(yīng)戰(zhàn)而造成的軍需不足。秦良玉的部隊(duì)與清兵在京師外圍相遇，還沒(méi)來(lái)得及安營(yíng)扎寨，就開(kāi)始了全面進(jìn)攻。年己五十五歲的秦良玉，手舞白桿長(zhǎng)矛，好似“瑞雪飛舞、梨花紛飄，鋒刃所過(guò)之處，清兵不是頭落地就是手腳分家”;所有白桿兵將士，無(wú)不以一當(dāng)十，威猛如虎，打得清兵落荒而逃。很快，秦良玉接連收復(fù)了灤州、永平、遷安、遵化四城，解救了京城之圍。崇禎帝大加感慨，特意在北京平臺(tái)召見(jiàn)秦良玉，優(yōu)詔褒美，賞賜彩幣羊酒，并親賦詩(shī)四章，彰其功績(jī)：

　　學(xué)就西川八陣圖，鴛鴦袖里握兵符，

　　由來(lái)巾幗甘心受，何必將軍是丈夫。

　　蜀錦征袍自剪成，桃花馬上請(qǐng)長(zhǎng)纓，

　　世間多少奇男子，誰(shuí)肯沙場(chǎng)萬(wàn)里行。

　　露宿風(fēng)餐誓不辭，飲將鮮血代胭脂。

　　凱歌馬上清平曲，不是昭君出塞時(shí)。

　　憑將箕帚掃虜胡，一派歡聲動(dòng)地呼，

　　試看他年麟閣上，丹青先畫美人圖。

　　明軍收復(fù)永平四城后，朝廷留其馬祥麟和秦翼明駐京畿防守，命良玉回川“專辦蜀賊”.

　　又過(guò)了十來(lái)年，起義軍張獻(xiàn)忠進(jìn)入四川一帶，年過(guò)花甲的秦良玉再次披掛上陣，風(fēng)采不減當(dāng)年。她率領(lǐng)白桿兵，連戰(zhàn)連捷，解除太平之圍，扼羅汝才于巫山，斬東山虎于譚家坪，使張獻(xiàn)忠的軍隊(duì)在川地吃了不少苦頭。然而，由于川地屢經(jīng)兵災(zāi)，府庫(kù)空乏，糧餉短缺，損失的兵力無(wú)法補(bǔ)充；而起義軍部隊(duì)勢(shì)力強(qiáng)大，如潮水般涌進(jìn)川蜀，整個(gè)戰(zhàn)局上，官兵無(wú)法取勝。秦玉良萬(wàn)般無(wú)奈，只有退保石砫一地。這時(shí)京城已被李自成所率領(lǐng)的義軍攻破，明思宗自縊于煤山，大明皇朝在風(fēng)雨飄搖中終于徹底倒塌，李自成入主京城，張獻(xiàn)忠則想牢牢控制住川蜀，以作為自己的據(jù)點(diǎn)。張獻(xiàn)忠東征西戰(zhàn)，幾乎囊括了全蜀，卻唯對(duì)石砫彈丸之地?zé)o可奈何。已六十八歲高齡的秦良玉，帶著她手下歷經(jīng)百戰(zhàn)的白桿兵，誓死抗拒，一直到張獻(xiàn)忠敗亡，起義軍終沒(méi)能踏入石砫半步。清順治五年端陽(yáng)節(jié)過(guò)后，七十五歲的秦良玉，在一次檢閱過(guò)白桿兵后，剛剛邁下桃花馬，身子突然一歪，溢然離開(kāi)了人世，這次閱兵成為她與自己的白桿兵訣別的禮物。