民國初年，少林寺尚有僧眾二百多人，土地一千三百七十余畝，度日艱難。

民國五年（1916年），有王云華修葺緊那羅殿之舉；民國八年（1919年），寺僧又修繕了白衣大士殿及地藏王殿，但都屬小規(guī)模的修修補補。

當此之時，軍閥混戰(zhàn)，武入朝秦暮楚；土匪肆虐，無賴劫奪流竄，寺僧惟以寺宇平安為念。時有云松恒林和尚（1865～1923年），為寺宇平安做出了貢獻，但也由此種下了禍根。

恒林，伊川縣宋寨人，俗姓宋氏，光緒初（1875年）人寺燕染。民國改元（1912年），為登封縣僧會司。其參禪之外，又習(xí)拳術(shù)，武藝高超。因地方不靖，縣府便命他為“少林寺保衛(wèi)團團總”，系地方民團性質(zhì)。他只好“以菩薩心腸作金剛面目”，購置槍械，訓(xùn)練僧兵，以備不虞。

民國九年（1920年）秋，歲遭旱荒，土匪蜂起。恒林率民團在登封縣城、梯子溝、白玉溝等處，與土匪大小數(shù)十戰(zhàn)，打落“肉票”多人，每次皆獲勝利。一次，土匪桿首朱保成、牛邦、孫天章、段洪濤等合伙夜襲鞏縣魯莊鎮(zhèn)，天將明時被發(fā)覺，向西南逃竄。鞏縣九區(qū)民團緊緊追擊。匪過偃師府店，偃師縣十四區(qū)、十五區(qū)民團也加入追擊隊伍。土匪逃至少林寺西熬子坪，遭恒林所率少林寺民團截擊，大部被消滅。這次戰(zhàn)斗繳獲槍支、彈藥甚多，皆藏于少林寺內(nèi)。

恒林因其英勇善戰(zhàn)，名聲大振。土匪不敢犯境，環(huán)寺數(shù)十村得以安居樂業(yè)。時河南省政府主席張鳳臺授恒林以獎狀、獎?wù)?，并向少林寺緊那羅王殿獻了“威靈普被”的匾額，以謝神庥。河洛道道尹閻倫如也送了“少林活佛”的匾額，旌表恒林剿匪之功。恒林則謙恭如一，敦睦百姓。

民國十二年（1923年）十月初二日，恒林因積勞成疾去世，春秋五十九歲。次年春，登封、鞏縣、偃師、臨汝四縣民眾三百余人集資為恒林立碑悼念。

恒林去世以后，他的弟子妙興（1891—1927）接任了登封縣僧會司及少林寺保衛(wèi)團團總的職務(wù)。

妙興，字豪文，俗姓金，臨汝縣謝灣村人，家境貧寒，八歲（1898年）投少林寺恒林為師，自幼學(xué)拳習(xí)武，技藝超群，綽號“金羅漢”。

民國十一年（1922年）第一次直奉戰(zhàn)爭時，直系吳佩早（1873～1939年）部師長張玉山至登封，意在收撫陳青云、任應(yīng)岐的部隊。張玉山手下的河南暫編第四團團長樊鐘秀過少林寺休息，見大雄寶殿殘破，發(fā)心修補，因軍務(wù)倥傯，無暇及此，暫捐四百圓，預(yù)作購買物料之用。寺中大眾感激，因而與樊有聯(lián)絡(luò)。次年（1923年）秋，吳佩孚受命為直魯豫三省巡閱使。張玉山奉命在登封一帶收編湖北第一師別動隊，其第一旅旅長盧耀堂得知妙興武功出眾，寺內(nèi)又藏有槍支，便極力拉攏妙興，后以妙興為團長，組成第一旅第一團。這樣，妙興就加入了吳佩孚的軍事集團。

民國十四年（1925年）二月，豫西爆發(fā)了“胡憨之戰(zhàn)”。陜西的劉鎮(zhèn)華派憨玉琨率軍人河南，與河南督軍胡景翼作戰(zhàn)，爭奪中州。胡部樊鐘秀派蘭世勛運動駐偃師的憨部李慎亞倒戈。當憨部崔繼華自密縣退卻時，妙興率部隊幫助李慎亞攻打崔繼華，大大支援了樊鐘秀。自此，妙興與樊鐘秀關(guān)系更加密切。

民國十五年（1926年）七月，廣州革命軍開始北伐。九月，馮玉祥（1882～1948年）宣布脫離北洋軍閥，參加國民革命。吳佩孚聯(lián)合張作霖（1875～1928年）攻打馮玉祥，被北伐軍擊敗。次年（1927年）春，馮玉祥占領(lǐng)西安，配合北伐軍合攻河南。二月，妙興所率第一團奉命開往鄭州，又調(diào)往舞陽。三月六日，在與任應(yīng)岐部交戰(zhàn)中，妙興陣亡，年僅三十七歲。六月，遺體由弟子體信運回少林寺，葬于寺東北山坡上。

民國十七年三月，建國軍樊鐘秀乘馮玉祥的國民軍后方空虛，奪占了鞏縣及偃師縣，但不久被馮部將領(lǐng)石友三奪回。樊鐘秀南撤，轉(zhuǎn)攻登封縣城，其司令部即設(shè)在少林寺內(nèi)。石友三部向南追擊，至輾轅關(guān)（十八盤），少林寺僧助樊狙擊，終不敵而潰。三月十五日，石友三追至少林寺，遂縱火焚法堂。次日，駐防登封的國民軍（馮玉祥部）旅長蘇明啟，命軍士抬煤油到寺中，將天王殿、大雄殿、緊那羅殿、六祖殿、閻王殿、龍王殿、鐘鼓樓、香積廚、庫房、東西禪堂、御座房等處，盡付一炬，以泄厥憤。至此，千載少林寺之精華，悉遭火龍浩劫！

如果說恒林迫于形勢，擔任“團總”，保護了寺院及一方的安全，尚可稱贊的話，那么妙興投靠北洋軍閥，出任“團長”，參與征戰(zhàn)，不但違背了佛寺清規(guī)，且引來了少林寺的劫難。

豫西地區(qū)，多災(zāi)多難。民國十一年（1922年）直奉戰(zhàn)爭以來，迄無寧歲?；馃倭炙潞螅又鞘Y馮大戰(zhàn)（1929年）、蔣閻馮大戰(zhàn)（1930年）。連年戰(zhàn)亂、災(zāi)荒，民生凋敝，少林寺之破落可想而知。此后的少林寺當家和尚淳樸（鞏縣回郭鎮(zhèn)人）、貞緒（1893—1955，鞏縣魯莊鄉(xiāng)南村人，俗姓李）等人，只在維系山門而已。

1991年冬，永信禪師率少林寺武僧團出訪日本，在京都達摩寺發(fā)現(xiàn)了大正九年（1920年）的少林寺照片四十八張。從這批照片中得知，當年少林寺的軸線上，自南至北依次是山門、天王殿、大雄寶殿（內(nèi)供三世佛）、法堂（又名”藏經(jīng)閣”）、方丈室、達摩亭及千佛殿。天王殿內(nèi)東角為為鐘樓，西角為鼓樓。大雄寶殿東側(cè)是緊那羅殿，西側(cè)是六祖堂。千佛殿東側(cè)是白衣大士殿，西側(cè)是地藏王殿。此外還有一個”跨陀殿”，其位置不詳。這批照片成了至為珍貴的歷史資料。