當時朝廷產(chǎn)生了“海防”與“塞防”的爭論，直隸總督李鴻章等人主張專務海防，放棄新疆，封阿古柏為“外藩”，反對西征。但左宗棠堅持海防塞防并重，“重新疆，所以保蒙古，保蒙古，所以衛(wèi)京師。”

　　左宗棠臨危受命，率近10萬兵騎進軍新疆，去打擊侵略者。在出任欽差大臣的第二年，他把大本營由蘭州移至肅州（今酒泉）。

　　兵馬未動，糧草先行。左宗棠說：“籌餉難于籌兵，籌糧難于籌餉，籌運又難于籌糧。”這次遠征長途跋涉，需要的糧、秣和軍用物資運輸量很大，光是軍糧就3980萬斤。

　　左宗棠動員組織了官方和商家的大車5000輛，駱駝2.9萬峰，騾馬6000多頭。動用這么多的車馬，別說在中國歷史上，在世界歷史上也是罕見的。

　　具體運作中，采取分途采運，分地積存，分段分批轉(zhuǎn)運交替的方法，先把糧草運存肅州，又由肅州出關運到玉門，在玉門用私人的駱駝轉(zhuǎn)運安西，騰出官馱官車去轉(zhuǎn)運后面的軍糧。然后再從安西運進哈密。如此科學安排，層遞銜接，僅用三個多月就把1980萬斤軍糧由河西運往新疆巴里坤等地。

　　左宗棠步步為營，穩(wěn)扎穩(wěn)打的戰(zhàn)略戰(zhàn)術加上軍隊高昂的士氣，迅速攻占了烏魯木齊、瑪納斯。

　　1877年春天，左宗棠下令進攻南疆。清軍紀律嚴明，秋毫無犯，受到百姓擁護。此次西征，用蘭州仿造的洋槍洋炮很快收復南疆諸城，把阿古柏政權打得粉碎。阿古柏畏罪自殺。

　　到1878年元月，左宗棠收復了除伊犁外的全部失地。舉國振奮。

　　新疆自古以來就是中國的領土，而京城里一些人此時還在爭議不休。有人說，新疆北鄰俄羅斯，西界土耳其、波斯、阿拉伯國家，南接英屬印度，中國目前的力量來不及兼顧西域，不必急圖進取。也有人說，應全力注重西征。

　　1880年5月，年近古稀的左宗棠讓士兵抬著棺材出關，踏上了決心收復伊犁的悲壯征程，成為五千年中華歷史上第一位愛國將領。左宗棠之所以有此壯舉，是因為他早年在長沙見到林則徐時，林氏曾對他講了西邊國土的重要性，要他重視邊防，務求西北一隅之長治久安。林氏還將自己在陜甘、新疆一帶的見聞錄贈于左。

　　林則徐是清朝中上層愛國士大夫集團的重要人物，也是睜眼看世界的第一人。1839年，他奉旨以欽差大臣身份在廣東虎門禁煙，當眾把2萬多箱鴉片燒于化煙池中，致使英國政府震驚而惱怒。但這位抗英御侮的民族英雄卻遭到朝廷中那些愚昧無知，夜郎自大，盲目排外的頑固派的反對。林則徐被革職遣戍發(fā)配到新疆伊犁去了。

　　愚昧的結果是“城下之盟”，國家的屈辱，不平等條約。這才提出如何“馭外夷”這樣驚心觸目的主題。

　　左宗棠一心要承擔起林文忠公未完成的事業(yè)。他忘不了，當年63歲的林則徐特為時年37歲的左宗棠寫下對聯(lián)：“茍利國家生死以，豈能禍福避趨之。”希望他能擔當強固大西北的重任。

　　伊犁，是在大軍壓境的勢態(tài)下通過談判收復的。

　　左宗棠率領大軍受盡苦難，平定新疆，阻遏了俄英長期對我西北邊疆的侵略，打破了英俄按照“長城以內(nèi)是中國”來劃分世界的企圖。

　　說來說去，值得稱頌的是，蘭州制造局所造的槍炮子彈，其技術與火力已達到當時的世界水平。這些出自蘭州的先進武器，在掃平阿古柏政權，保衛(wèi)祖國領土完整的正義戰(zhàn)爭中大顯神威。這也是鴉片戰(zhàn)爭以來第一次用中國近代工業(yè)生產(chǎn)的武器戰(zhàn)勝外國侵略者的先例。