1939年12月4日，寓居北平近八年之久的吳佩孚，逝世于什錦花園胡同11號(hào)公館，享年六十六歲。

　　吳佩孚早已遠(yuǎn)離了波詭云譎的政治舞臺(tái)，但占領(lǐng)北平的日本人老想讓吳佩孚“出山”,無(wú)論日本人如何利誘，這位生性狷介忠直，以關(guān)岳自況的吳大帥，巋然不為所動(dòng)。晚年他潛心于闡釋儒家學(xué)說(shuō)，有《循分新書》、《正一道詮》、《明德講義》、《春秋正義證釋》等著作傳世，民國(guó)名記者陶菊隱譽(yù)其為“中國(guó)舊軍人的最后一個(gè)典型”.

　　吳佩孚的死因，至今謎團(tuán)未解?？梢钥隙ǖ氖牵簾o(wú)論他是死于日偽的陰謀，還是誤于庸醫(yī)之手，都無(wú)礙他的晚節(jié)。報(bào)道稱：“吳佩孚將軍，以六秩晉六之翁，身體素健，步履如恒，詎于前四五日突罹牙疾，當(dāng)延伊東日本大夫及中醫(yī)郭眉臣、西醫(yī)方石珊、德醫(yī)史替芬等醫(yī)治，以期萬(wàn)全。惟牙腫迄未見痊可，竟于四日下午六時(shí)病逝，享年六十六歲。”

　　中國(guó)最具影響力的媒體《大公報(bào)》，于12月6日發(fā)表社評(píng)《悼吳佩孚將軍》，其中說(shuō)：“吳佩孚將軍以敗血癥于前夕逝世于北平，此一代人杰，乃于今日保持完節(jié)溘然長(zhǎng)逝于異族大敵統(tǒng)治下之故都，全國(guó)同胞聞此噩耗，均不勝其感念悲悼之情矣！”

　　北平舉行的大殮定于12月5日下午舉行。這天，日本華北派遣軍最高指揮官多田中將竟然也來(lái)到吳宅致祭。1940年1月16日舉行的“點(diǎn)主”大典，竟請(qǐng)來(lái)了前清翰林傅增湘為點(diǎn)主官。1940年1月21日，重慶國(guó)民政府于吳佩孚移靈之日，舉辦了吳佩孚將軍追悼大會(huì)，蔣介石親臨致祭并送挽聯(lián)一副：“落日睹孤城，百折不回完壯志；大風(fēng)思猛士，萬(wàn)方多難惜斯人。”