1882年4月19日下午4點(diǎn)，達(dá)爾文在夫人愛瑪?shù)膽牙锿Ｖ沽撕粑郜敽妥优畟円贿呄蛴H友發(fā)出訃告，一邊著手準(zhǔn)備葬禮。達(dá)爾文的遺愿是埋葬在唐恩村的家庭墓地中，與哥哥伊拉茲馬斯和夭折的大女兒安妮埋在一起。他的家人和村民們也都希望他能長眠在他已生活了40多年的土地上。

但是其他人則認(rèn)為以達(dá)爾文的成就應(yīng)該為他舉行國葬，埋到英國的先賢祠——威斯敏斯特大教堂。第二天英國的報紙紛紛發(fā)表評論，呼吁把這位“自牛頓以來最偉大的英國人”與牛頓等人埋在一起供后人憑吊。有一家報紙還指出，早在15年前普魯士國王已授予達(dá)爾文爵位，英國女王卻沒有這么做，以至達(dá)爾文死時還是一介平民，不能以“爵士”的頭銜下葬，難道不該以入祠祀奉來彌補(bǔ)英國對其“第一兒子”的不公平待遇嗎？（后來達(dá)爾文有三個兒子被陸續(xù)授予爵士頭銜）也有報紙評論說，達(dá)爾文要比已埋在威斯敏斯特大教堂的許多政治家更屬于那里，因為“與這位震撼世界的思想家的成果所產(chǎn)生的巨大影響相比，日常政治的喧囂大部分不過是塵土一般的貧乏”。

在媒體的呼吁聲中，皇家學(xué)會會長給達(dá)爾文的家人去信，請求他們同意達(dá)爾文入葬威斯敏斯特大教堂。達(dá)爾文的鄰居、林耐學(xué)會會長兼議員約翰·魯巴克收集了28位議員的簽名，向威斯敏斯特大教堂主教請愿。正在法國訪問的威斯敏斯特大教堂主教甚至還未收到議會的請愿書，就已發(fā)電報表示同意讓達(dá)爾文入祠。

葬禮于4月26日舉行。愛瑪沒有出席葬禮，留在了唐恩家中。10名抬棺者中除了魯巴克、一名威斯敏斯特大教堂的教士，還包括皇家學(xué)會會長代表科學(xué)界，一名伯爵和兩名公爵代表政府（其中一位是達(dá)爾文的母校劍橋大學(xué)的校長），和美國大使代表外賓，以及達(dá)爾文最親密的朋友中還健在的三位。

植物學(xué)家約瑟夫·胡克。達(dá)爾文隨貝格爾號環(huán)球航行回來后，長期秘密研究進(jìn)化論，只有一些朋友知道他在研究這個將會顛覆世界的理論，胡克就是其中之一。

自然選擇理論的共同發(fā)現(xiàn)者華萊士。達(dá)爾文本來做好了在死后才發(fā)表其進(jìn)化論手稿的準(zhǔn)備。作為一個生性平和的人，他不想見到這個理論的發(fā)表在社會上引起的爭議。但是在1858年夏天，由于接到華萊士的來信，知道華萊士已獨(dú)立發(fā)現(xiàn)了自然選擇理論，這才迫使他在征求了胡克等人的意見后，與華萊士同時發(fā)表了關(guān)于自然選擇理論的論文，并在次年出版《物種起源》。此后自然選擇理論也被稱為達(dá)爾文主義——這個說法是華萊士首先使用的。

古生物學(xué)家托馬斯·赫胥黎?！段锓N起源》的發(fā)表不出所料掀起軒然大波，達(dá)爾文本人避免參與社會爭論，代替他四處爭斗捍衛(wèi)進(jìn)化論的是赫胥黎，因此獲得“達(dá)爾文的斗犬”的稱號。

送葬者包括倫敦市長，皇家學(xué)會、林耐學(xué)會和其他科學(xué)學(xué)會的會員們，以及各國、各界代表。在“得智慧，得聰明的，這人便為有福”的贊美詩歌聲中，達(dá)爾文被埋在了牛頓墓碑的下方。

沒有人覺得把提出動搖了基督教世界的學(xué)說的人埋在大教堂里有何不妥。《時報》甚至評論說：“該大教堂需要這個葬禮甚于該葬禮需要大教堂。”進(jìn)化論與基督教的沖突似乎已成為歷史。英國基督教領(lǐng)袖們乘機(jī)在世人面前展示他們的寬容?！镀鞄脠蟆沸Q：“真正的基督徒能夠像接受天文學(xué)和地質(zhì)學(xué)一樣接受進(jìn)化論的主要科學(xué)事實，而不會對更古老和珍貴的信仰產(chǎn)生任何偏見。”高教會派的報紙《晨報》聲稱：“我們無法欣賞他的理論的全部，但是我們能夠敬佩他的生活。”《教會時報》則干脆說達(dá)爾文是一名“基督教紳士”。幾年之后，開始出現(xiàn)謠言聲稱達(dá)爾文臨終懺悔放棄了進(jìn)化論，這個謠言至今還能在傳教宣傳品中看到。

事實上達(dá)爾文死時不僅不信神，甚至對基督教極其反感。他生前不愿公開他的宗教立場，一方面是因為他不愿參與爭端，另一方面也是因為他認(rèn)為不信神的立場只適合于有教養(yǎng)的人，讓普通大眾接受無神論的時機(jī)還不成熟。但是在私下場合，達(dá)爾文并不隱瞞他反對基督教的立場。這有他晚年寫的自傳為證。在自傳中，他用一章專門闡述自己的信仰，批駁各種有關(guān)上帝存在的證據(jù)，認(rèn)為沒有任何理由相信上帝存在，并介紹了自己唾棄基督教的經(jīng)過。他甚至抨擊基督教的教義“真是一種可咒詛的教義”。

達(dá)爾文自傳是給其子女看的，并沒有打算發(fā)表，所以寫得非常坦率，以致在其死后（1887年）發(fā)表時，在愛瑪（一位虔誠的基督徒）的要求下做了大量的刪節(jié)，直到1959年才得以完整地出版。如果達(dá)爾文對基督教的抨擊在其生前就被公開，英國基督教領(lǐng)袖們對他是否還會如此寬容，他是否還能入葬威斯敏斯特大教堂？無論如何，達(dá)爾文大概是大教堂祀奉的第一個“罪人”。