按照中瑞雙方的協(xié)議，這批漢簡運(yùn)到了北京，存放在北京大學(xué)文科研究所，由雙方選派科學(xué)家共同研究。我方選派的是劉半農(nóng)（劉復(fù)）、馬衡（字叔平，當(dāng)時擔(dān)任故宮博物院院長），外方選派的是瑞典人高本漢和法國人伯希和。研究前，先對漢簡拍照，印出四份，四位研究者各有一份。各人據(jù)照片研究，考釋文字，如有疑難處，則相互通信請教，定期交換研究成果和論文。
１９３１年７月，理事會聘請傅振倫和傅明德協(xié)助整理。他們二人按照箱號，打開每箱之后，按原編包數(shù)排好，再拿出木簡由傅振倫編號，先用毛筆去塵，再交傅明德用紅朱筆在簡無字處一一寫號。編號是從破城子開始，按出土地點(diǎn)由北而南編寫。如３?５號即是破城子出土的第三包第五枚。一枚而分為數(shù)片者，便各注號碼及ＡＢＣ等字母，仍包在一起。其中如有木質(zhì)松脆，字跡行將脫落者，便稍稍拭塵后，用膠液加固，然后登錄在簿。登記簿每頁有編號、原包號、出土年月、出土地點(diǎn)、備注等欄。每件登記完后，就交馬衡和劉復(fù)兩位教授看驗(yàn)。如有字跡清晰、內(nèi)容完整且具有學(xué)術(shù)價值者，他們常常在幾天內(nèi)就寫出短篇論文。
研究工作開始不久，貝格曼等人就回國了。１９３４年劉半農(nóng)在蒙綏地區(qū)考察后，突然去世，使研究工作無人負(fù)責(zé)。后來經(jīng)理事會研究，挑選了讀北大文學(xué)、歷史的優(yōu)秀畢業(yè)生勞干、賀昌群、余遜、向達(dá)來協(xié)助馬衡研究。但這四位青年學(xué)者只工作了半年，釋文部分還未完成，抗日戰(zhàn)爭就爆發(fā)了。
北平淪陷后，沈仲璋先生冒著生命危險，將這批漢簡運(yùn)到了香港，交香港大學(xué)存放。１９４１年太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后，居延漢簡又面臨著第二次劫難，當(dāng)時在胡適先生的努力下，設(shè)法運(yùn)到了華盛頓，存放在美國國會圖書館。后來胡適任臺灣中央研究院院長后，就向美國國會圖書館交涉提出，交付臺北的中央研究院歷史語言研究所保管。
?。保梗罚?mdash;１９７６年，由甘肅省博物館、酒泉地區(qū)和駐地部隊等單位組成的居延考古隊，對居延漢代遺址進(jìn)行了初步的科學(xué)發(fā)掘，并取得了重要成果。
這次試掘的重點(diǎn)是三處不同類別而面積較小的遺址，北部地區(qū)的甲渠候官（在破城子，發(fā)掘代號ＥＰ）、甲渠塞第四燧（ＥＰＳ４）和南部的肩水金關(guān)（ＥＪ），總掘面積４５００平方米。
甲渠候官遺址（ＥＰ）：俗名破城子，位于額濟(jì)納旗南２４公里，納林、伊肯河之間的戈壁灘上，為居延都尉西部防線甲渠塞之長——甲渠候的官衙。１９３１年，前西北科學(xué)考察團(tuán)在此地發(fā)掘漢簡五千余枚。這次試掘出土的簡牘，已編號的有６８６５枚，尚未編號的近千枚。
甲渠塞第四燧遺址（ＥＰＳ４）：第四燧位于甲渠候官南５．３公里、伊肯河西岸蒙名保都格的地方，與候官相隔三座燧臺。前西北科學(xué)考察團(tuán)曾在此地出土漢簡一枚。這次共掘出木簡１９５枚。
肩水金關(guān)遺址（ＥＪ）：肩水金關(guān)是一座烽塞關(guān)城，位于金塔縣天倉北２５公里、額濟(jì)納河上游谷地北口的東岸。它是進(jìn)出河西的腹地，北通居延都尉的咽喉門戶，拱衛(wèi)著南面不遠(yuǎn)的肩水都尉府（大灣）、肩水候官（地灣）等屯戍重地。１９３０年，前西北科學(xué)考察團(tuán)曾在此地發(fā)掘漢簡８５０余枚。這次獲漢簡１１５７７枚（其中未編號的１４２６枚）。
?。保梗罚?mdash;１９７６年的發(fā)掘，在甲渠、第四燧、金關(guān)三地共發(fā)現(xiàn)漢簡１９６３７枚。目前已整理編號的有１７２１１枚，絕大多數(shù)是木簡，也有極少數(shù)竹簡。這些簡牘出土?xí)r形態(tài)各異；有的是廢棄前還在使用的文書，時代晚，成冊的多；有的堆儲在一處；有的與雜草、畜糞混合堆成積薪；有的墊在圈底，或當(dāng)作垃圾拋在各處。
?。保梗福赌辏拭C省文物考古研究所派專業(yè)人員對居延地灣進(jìn)行發(fā)掘。地灣遺址靠近河岸，部分遺址已被水沖去。因這里地勢低洼，地表潮濕，部分簡牘已成灰末，無法收拾，加之近年來這里進(jìn)行基本建設(shè)工程，遺址大部分為推土機(jī)壓過，因此，這次發(fā)掘獲得殘斷之簡甚多，共獲得漢簡一千多枚，絕大多數(shù)已殘破不全。
總之，三次科學(xué)考察及發(fā)掘，在居延地區(qū)共發(fā)現(xiàn)漢簡３５０００枚。若將特別殘破者除去，也有三萬余枚。它是我國發(fā)現(xiàn)簡牘最多的地區(qū)。
（二）居延漢簡的學(xué)術(shù)價值
居延漢簡的發(fā)現(xiàn)，使學(xué)術(shù)界為之耳目一新，它對于漢代歷史，尤其是漢代西北邊郡歷史的研究，具有重大的意義?；蛱钛a(bǔ)了空白，或糾正了前人的錯誤，或豐富、補(bǔ)充了歷史研究的內(nèi)容。下面僅舉數(shù)例說明之： (責(zé)任編輯：鑫報)
