1915年袁世凱稱帝，蔡鍔在云南成立護國軍，號召反袁，赴云南參加護國之役，先后任護國軍第一梯團司令劉一峰部參謀和川滇護國聯(lián)軍總司令熊克武部參謀長。處前敵時，整飭軍紀，士樂為用，軍民相安，立功最多。1916年3月袁世凱被迫撤消帝制，而再稱大總統(tǒng)，勿幕又聯(lián)合民黨進步人士，以19省公民名義，發(fā)表宣言，反對袁世凱再稱總統(tǒng)。宣言中尖銳指出：“袁逆不死，大禍不止。”同年6月袁世凱病死，陜西督軍陳樹藩唁電，稱袁為“不兆之祖，共戴之尊”,陜西民黨大憤。勿幕喬裝商販，足穿麻鞋，身背卷煙，徒步回陜，轉(zhuǎn)赴北京，和黨人促成李根源為陜西省長。他亦應(yīng)李根源的邀請，屈就關(guān)中道尹，以便共同對付陳樹藩。當時勿幕對禁煙、財政、教育各項大政設(shè)施，提出多次建議，但扼于陳的掣肘，未能實施。后來陳樹藩對段祺瑞拉師生關(guān)系，依附“安福系”,加入督軍團，以強力奪取李根源的省長印信，勿幕亦憤而辭職，被陳軟禁于西安，日以篇籍自娛，暗中仍與渭北通聲氣。此時駐渭北的胡景翼、曹世英、高峻、耿直、郭堅等部和民黨焦子靜、劉允臣等，均密謀討陳。陳派旅長曾繼賢率嚴錫龍團，進駐三原，擬接城防。胡景翼部補充營營長張義安、連長董振五、參謀鄧寶珊等，感到形勢緊迫，且有機可乘，率300余人，于1918年1月25日，在三原起義，殲滅曾繼賢、嚴錫龍裝備精良的數(shù)倍之敵。胡景翼由蒲城，曹世英由耀縣馳赴三原，舉起陜西靖國軍旗幟，反段討陳，連戰(zhàn)獲勝，攻至西安城郊。陳樹藩屢戰(zhàn)不利，驚惶萬狀，勾引劉鎮(zhèn)華率鎮(zhèn)嵩軍入關(guān)相助。戰(zhàn)事連年，互有勝負。9月靖國軍第四路司令胡景翼受騙，被陳樹藩劫持，囚于西安。10月，葉荃率滇軍第八軍3000余人經(jīng)四川、甘肅入陜，支援靖國軍。先至鳳翔、隴縣。又有鄂軍王安瀾和川軍呂超各部，即將到陜。時陜西靖國軍共有六路司令，以于右任為總司令，聲勢復(fù)振。陳樹藩大懼，一面向國務(wù)總理段祺瑞求援，同時因渭北靖國軍將領(lǐng)，多系勿幕舊部，陳商請勿幕借調(diào)解之名，赴三原統(tǒng)馭靖國軍，以抵制滇軍。井勿幕佯裝不允，而陳樹藩邀請愈力。11月由西安赴三原，到后即被眾推為靖國軍總指揮。

　　井勿幕率岳維峻、董振五、鄧寶珊等部赴鳳翔慰勞滇軍和靖國軍第一路部隊，某日在第一路司令郭堅的宴席上，勿幕指責郭部紀律不佳，要求整頓。歸途經(jīng)扶風，為郭部劉順天營截擊，未受損失。至興平又遇陳部投降的賈福堂營，據(jù)城抗阻，勿幕即命隨行部隊攻賈，數(shù)日未克。郭堅亦命駐興平南仁堡（在興平縣城西南15里）的李棟才營策應(yīng)。后郭堅發(fā)公函約勿幕等于1918年11月21日齊集南仁堡開會，商討攻打興平及進取西安計劃。岳、董等都勸勿幕不必前往，勿幕亦同意。但他終無戒備之心，認為自己是靖國軍總指揮，又和郭堅、李棟才是蒲城同鄉(xiāng)，自己去，可以把他們說服，把部隊整頓好，再勿擾害人民。行前他給四川督軍熊克武寫信說：“很多人都反對我前往，以為有危險。其實，只要對革命有好處，我是不怕犧牲的。”他只帶護兵4人，自己坐轎車前往南仁堡，到了堡外，問門衛(wèi)：“郭司令來了嗎？”答：“沒有。”李棟才即迎勿幕進堡。約上午10時，郭堅的差弁李新生、任申娃、張昉等數(shù)十騎自北門進堡。揚言：“郭司令來了。”勿幕出迎，不見郭，即折回。才進營部，李新生突然自背后連發(fā)兩槍，勿幕倒地殞命，李棟才急割勿幕頭，帶赴西安。井勿幕的尸身，由隨來的護兵安彥明用棉被包裹，背回涇陽。井勿幕死后，涇陽駐軍團長田玉潔，向陳樹藩幾經(jīng)交涉，索回勿幕的頭顱，和由南仁堡背回勿幕的尸體，臨時草葬于蒲城。陜西靖國軍總司令于右任將勿幕生前事跡，上報廣州大元帥府。呈文中有“名家龍虎，關(guān)中鳳鸞，奔走南北者10余年，經(jīng)營蜀、秦者可百余戰(zhàn)?？⒖谥镁樱褳躅^之早白。淮陰入漢，旋登上將之壇；士會渡河，胥慰吾人之望。武侯之指揮未定，君叔之志俱殲。于11月21日被刺于興平之南仁堡，莫歸先軫之元，空灑平陵之淚”等語。經(jīng)常委會決議，將勿幕生平事跡，宣付國民黨黨史委員會立傳，并由國民政府明令褒揚。又由章炳麟撰《井勿幕墓志銘》。