位于霍城縣惠遠(yuǎn)鎮(zhèn)東大街。清光緒八年(1882)清政府收復(fù)伊犁后,在惠遠(yuǎn)老城北重建惠遠(yuǎn)城。伊犁將軍府也于光緒十年(1884)在新城中重建。其址位于城內(nèi)鐘鼓樓東大街正中,坐北朝南,門院三重,為典型的中軸線布局,依次為府門、正殿、將軍亭,兩側(cè)有東西營房、客房、書房;西有一四合院,包括辦公室和居室等,四合院后為金庫。伊犁將軍府是清代管理西北邊疆的最高軍政機(jī)構(gòu),以軍府而兼理民政。新疆建省后,省會設(shè)于迪化(今烏魯木齊),新疆的政治軍事中心東移,但伊犁將軍仍掌管著邊疆軍務(wù)。辛亥革命后廢除清制,伊犁將軍府成為新伊大都督府,后改為伊犁鎮(zhèn)邊使署。1914年,改為伊犁鎮(zhèn)守使署。1930年,改為伊犁屯墾使署。1934年秋,屯墾使署遷往伊寧,伊犁將軍府遂被棄用。
1996年7月公布為全國重點(diǎn)文物保護(hù)單位。2002年開始經(jīng)全面修繕保護(hù),2006年對外開放。2012年實(shí)施免費(fèi)開放。