馬世龍不負(fù)孫承宗重托，嘔心瀝血謀劃軍務(wù)，盡力輔佐孫承宗守御邊關(guān)。他和袁崇煥率領(lǐng)將士恢復(fù)山海關(guān)至寧遠(yuǎn)沿線(xiàn)被焚棄的城池，分兵出守關(guān)外；依孫承宗的部署，召遼人回故居，墾荒屯田，重建家園；發(fā)展采煤、煮鹽、海運(yùn)等事業(yè)，有效充實(shí)了民力，確保了軍需。同時(shí)，負(fù)起管理軍馬錢(qián)糧之責(zé)，清除了“關(guān)上兵名7萬(wàn)，顧無(wú)紀(jì)律，冒餉多”的弊端，汰逃將校數(shù)百人，遣還老弱病殘疲兵1萬(wàn)人，將部隊(duì)重新編制，定立了三千一營(yíng)、十五營(yíng)為三部，將帥以營(yíng)部為署的軍隊(duì)體制，使“兵將一清”，提高了關(guān)門(mén)守軍的戰(zhàn)斗力。在遼東幾年，馬世龍對(duì)糧餉籌集調(diào)撥，勤勉敬業(yè)，公正辦事；對(duì)敵指揮作戰(zhàn)，勇猛善戰(zhàn)，威震敵軍。
隨著軍隊(duì)?wèi)?zhàn)斗力的大幅提高，邊防的鞏固，明軍防線(xiàn)不斷延伸。到天啟五年夏，明軍分據(jù)錦州、松山、杏山、石屯及大小凌河各城。防線(xiàn)向前推進(jìn)了200里，從而形成了以寧遠(yuǎn)為中心的寧錦防線(xiàn)，成為后金騎兵不可逾越的障礙。馬世龍帶兵幾年經(jīng)歷大小戰(zhàn)斗，都沒(méi)能使后金打破這道防線(xiàn)。
總理六師，決戰(zhàn)京畿
天啟七年，后金軍攻打錦州，東北防線(xiàn)吃緊，明廷急令馬世龍復(fù)職。馬世龍星夜從寧夏趕赴山海關(guān)，重披戰(zhàn)袍，率4000精銳騎兵支援錦州，與錦州守軍內(nèi)外夾攻，打敗敵軍，取得“寧錦大捷”，再立大功。戰(zhàn)后他不戀權(quán)貴，再次回到寧夏。
崇禎二年(1629年)十月，后金皇太極率軍繞道喜峰口突入塞內(nèi)，相繼攻陷遵化、迂安、灤州、永平(四城均在今河北省境內(nèi)），直指北京，朝廷惶恐。11月，朝廷下詔全國(guó)各鎮(zhèn)救援京城，又急詔孫承宗再度出山，率兵御敵。崇禎三年三月，因護(hù)衛(wèi)京城的滿(mǎn)桂在迎擊后金軍的戰(zhàn)斗中戰(zhàn)死，朝廷急詔馬世龍到京晉升左都督、代滿(mǎn)桂武經(jīng)略之職，并賜尚方劍，總理指揮全國(guó)前來(lái)增援京師的諸鎮(zhèn)援軍。馬世龍臨危受命，周密指揮，與后金軍大戰(zhàn)于京城周?chē)o(hù)衛(wèi)了京城。
明軍與后金軍大戰(zhàn)于關(guān)內(nèi)關(guān)外歷經(jīng)數(shù)月，戰(zhàn)爭(zhēng)形勢(shì)沒(méi)有根本改觀。孫承宗率兵抗擊后金軍于遼東一線(xiàn)，被關(guān)內(nèi)遵化、永平之?dāng)匙韪?，與馬世龍諸軍聲息斷絕。1630年5月初，孫承宗設(shè)法與馬世龍取得聯(lián)系，確定了夾擊后金的戰(zhàn)略部署。之后馬世龍依計(jì)調(diào)集軍隊(duì)向?yàn)粗葸M(jìn)發(fā)。5月10日，錦州總兵祖大壽率軍星夜兼程趕到灤州，先將灤州城團(tuán)團(tuán)圍住，等待馬世龍部隊(duì)的到來(lái)。11日，馬世龍率領(lǐng)所部人馬抵達(dá)灤州城外，部署軍隊(duì)和紅衣大炮，為攻城大戰(zhàn)做好了準(zhǔn)備。次日，祖大壽和馬世龍一聲令下，群炮轟鳴，硝煙彌漫，城門(mén)炸塌，城上血肉橫飛，后金軍猶如驚弓之鳥(niǎo)，倉(cāng)皇棄城逃跑。遂后，馬世龍指揮明軍分頭追擊。遂后3天，明軍接連收復(fù)永平、遵化等城，京畿保衛(wèi)戰(zhàn)大捷。馬世龍以功賜封太子少保、寧夏衛(wèi)世千戶(hù)。當(dāng)年8月，馬世龍?jiān)俅沃x病回寧夏。
寧夏總兵，威震邊陲
崇禎六年五月，蒙部插漢、虎敦兔聯(lián)合河套各部大舉進(jìn)犯寧夏，寧夏總兵賀虎臣戰(zhàn)死，明廷任命馬世龍代職。
崇禎七年正月，插漢、虎敦兔二部再度進(jìn)犯寧夏，馬世龍指揮參將卜應(yīng)第出戰(zhàn)迎敵，首戰(zhàn)獲勝，殺敵200多人。次月，蒙古部又犯賀蘭山，馬世龍派歸降兵丁潛入蒙古大營(yíng)，殺掉其首領(lǐng)撒兒甲，斬?cái)?00多人。不久，蒙部插漢再次大舉入寇寧夏。馬世龍命副將婁光先等分五路，設(shè)伏于敵人途徑地段，等待敵眾進(jìn)入埋伏圈之后，四周將士殺聲四起沖向敵眾，霎時(shí)間插漢部潰不成軍，未及應(yīng)戰(zhàn)就已死傷遍地。此戰(zhàn)，馬世龍部署周密，指揮有方，消滅插漢部眾1200多人，寧夏軍隊(duì)士氣大振。不久，插漢部再次寇掠河西玉泉營(yíng)，被馬世龍指揮眾將士殺其500多人，敗逃而去。同年7月，蒙古部又犯棗園堡，馬世龍巧施戰(zhàn)術(shù)，俘斬?cái)橙?000多人。
由于馬世龍生長(zhǎng)于寧夏，對(duì)寧夏山川、地理十分熟悉，加之治軍有方，攻防有術(shù)，半年之內(nèi)，打敗了蒙古韃靼多次對(duì)寧夏的侵?jǐn)_，斬?cái)罃耻娊?000人。馬世龍威震西陲。
崇禎七年，馬世龍病逝于寧夏總兵任內(nèi)，年僅40歲。明廷追贈(zèng)其為太子太傅、世襲錦衣僉事，崇禎皇帝御書(shū)賜“總理六師”，立牌坊于寧夏鎮(zhèn)城二府街口。他的3個(gè)兒子馬獻(xiàn)圖、馬負(fù)圖、馬呈圖均為明末武將，在抵抗李自成起義中殉國(guó)，人稱(chēng)“馬氏三忠”，明廷敕建“同胞三義”，立牌坊于寧夏鎮(zhèn)城的南塘。 (責(zé)任編輯：鑫報(bào))
