印加的失敗有很多原因。皮薩羅的裝備也并不先進，雖然帶有火槍但每分鐘只能放一兩槍，以100多人對抗幾萬印加軍隊，原本絕無勝算。但印加人從未見過馬，首次交戰(zhàn)，幾千印加軍面對20多名西班牙騎兵，一名騎兵因過度緊張自己掉下馬，竟嚇得印加軍全部潰散。由于既不會使用車輛也不會使用馬匹，印加人空有四通八達的公路、驛站，卻不能用來迅速機動，反倒讓皮薩羅的人馬一路得到良好補給，輕松抵達庫斯科城下。更嚴(yán)重的問題在內(nèi)部。印加王室內(nèi)部也因財產(chǎn)糾葛而內(nèi)訌不休。長期的內(nèi)戰(zhàn)讓印加人口減少了幾百萬，更令不少部族離心離德，皮薩羅正是因此得以長驅(qū)直入。

　　西班牙人對印加實行了殘暴的統(tǒng)治。他們殺死幾乎所有祭司，強行推行天主教。由于祭司是印加唯一的知識分子階層，這一屠殺導(dǎo)致大量印加史料和文明失傳。他們還大量毀滅印加建筑、木乃伊和陵墓，搜刮財物，導(dǎo)致許多珍貴的文明遺跡被毀。更嚴(yán)重的是，他們帶來了可怕的疾病，如天花、麻疹，毫無抵抗力的印第安人因此大批死亡，據(jù)歷史記載，西班牙人抵達后半個世紀(jì)內(nèi)，印加核心區(qū)域的人口竟從700萬下降到不足50萬。

　　殘酷的壓榨令印加人繼續(xù)反抗，1780年，印加皇族后裔孔多爾坎基自稱圖帕克·阿馬魯二世，宣布重建印加，一度圍攻庫斯科，兵敗后被五馬分尸；1822年，印加人的后裔又參加了席卷南美的獨立運動，1824年12月9日，來自拉美各國的起義軍在名將蘇克雷率領(lǐng)下，大破西班牙軍于印加故地、秘魯?shù)陌啂烨?，這次戰(zhàn)役被稱為“獨立奠基之戰(zhàn)”,印加亡國之恥得到洗雪。

　　印加帝國覆滅后，父親是西班牙總督、母親是印加公主的詩人加爾西拉索·德拉維加上書西班牙王室，認(rèn)為是西班牙對印加的毀滅讓這里“從有序變成無序，從文明變成野蠻”.如今印加人仍恪守著昔日的許多傳統(tǒng)。在印加故地秘魯，克丘亞語被作為官方語言廣泛使用，這也是唯一被用作官方語言的印第安方言；印加王的后裔每年仍會盛裝祭祀太陽；在消失后又偶然被發(fā)現(xiàn)的、印加人最后的城池馬丘比丘，每天都有來自世界各地的人憑吊這被殖民者粗暴打碎的璀璨文明。