廣州的局勢在繼續(xù)惡化，6月2日，北洋總統(tǒng)徐世昌在全國巨大的壓力下宣布辭職。由于孫中山曾一再發(fā)表政治宣言，承諾只要徐世昌下臺，他亦將同時下野，因此，輿論界一片轟動。6月3日，蔡元培、胡適、高一涵等數(shù)百位各界名流聯(lián)名致電孫中山和廣州非常國會，呼吁孫中山實踐與徐世昌同時下野的宣言。

同日，葉舉宣布廣州戒嚴，大街通衢，遍布崗哨。6月12日，孫中山邀請廣州報界出席茶會，決心通過報紙，向陳炯明攤牌。孫中山不僅將他與陳炯明的矛盾公之于眾，而且還語氣頗為嚴厲地說：“現(xiàn)在我得向你們全體提出請求：請你們在10天內，以同一口徑對他們發(fā)出警告。告誡其撤到距離廣州30里以外地區(qū)。若他們置之不理，時間一到，別說我孫大炮扯大炮，我將用3寸直徑的大炮發(fā)射有毒炮彈轟擊他們。我會提前9小時發(fā)出通知讓市民躲避，接著的3小時內，達姆彈將落到他們頭上。那樣的話，他們60余營的兵力會全部完蛋。”

6月13日陳炯明從報紙上看到孫中山的警告，急忙給葉舉寫了一封親筆信，并派秘書陳猛蓀親自送往廣州。自孫中山的警告發(fā)出之后，雙方的火藥味越來越濃。6月15日深夜，粵軍高級將領在廣州鄭仙祠召開緊急會議，決定發(fā)動軍事政變，用武力驅逐孫中山下臺。就在這危急關頭，陳炯明在惠州派出的秘書陳猛蓀把親筆信送到葉舉手上。陳炯明在信中勸止葉舉別意氣用事，要將粵軍在限期內撤出廣州，并說孫中山出兵北伐如果能勝固好，如其失敗，我以陸軍部長身份暫將部隊調返東江訓練，做充分準備，到時仍可收拾殘局，守住南方根據(jù)地，繼續(xù)支持先生革命。葉舉閱后，無名火起，當著陳猛蓀的面將信擲落地上，他說：“陳炯明真是秀才造反十年不成，根本不懂軍事。人家都把刀架在了他的脖子上了，他還想著接應孫中山北伐。”他氣憤地質問陳猛蓀：“回東江我們去哪里找吃的？你回去告訴陳總司令，我們已準備通電南方政府，本以護法而起，黎元洪6月11日由津入京復任大總統(tǒng)，故要求孫中山下野，如孫不下野事情已不容不發(fā)……”陳猛蓀立報陳炯明，陳炯明聽后怒不可遏，抓起桌上的茶盅狠狠地摔在了地上，“砰”的一聲，茶盅的碎片散了一地。陳炯明看到落地開花的茶盅，頹然地癱坐在太師椅上，雙手按住大陽穴不住地揉搓。

6月15日晚上，白云山下的葉舉司令部外警備森嚴，粵軍旅以上的軍官急匆匆地趕到這里集中，葉舉正在此召集一個秘密的軍事會議，商量用武力驅逐孫中山下野的計劃。會上洪兆麟、楊坤如極力主張立即沖進總統(tǒng)府活捉孫中山，熊略等則主張先炮擊總統(tǒng)府，將孫中山趕出廣州。葉舉本來贊同第一種意見，想干脆來個一不做二不休，活捉孫中山，但想到陳炯明那信中的勸止又不覺猶豫起來。最后決定采用炮擊方案，并確定熊略為行動指揮官。熊略受命后，還是感覺把孫中山趕出廣東為最最上策，遂派親信到總統(tǒng)府向孫中山秘書林直勉暗中通報，讓他趕快逃跑，以免炮火誤傷。

其實早在當晚10點，總統(tǒng)府已接到一軍官電話：“今夜粵軍或有不軌行動，將不利于總統(tǒng)，務請總統(tǒng)離府。”但孫中山認為是謠言，不肯信。當林直勉12點又得到類似消息時，孫中山仍不肯相信。他說，當年陳炳焜、莫榮新在廣州如此作惡多端，尚不敢公開叛亂，何況陳炯明、葉舉等人跟隨自己多年，粵軍第一軍是自己一手培植起來的，不會敢于公然發(fā)難。林直勉看孫中山如此固執(zhí)和自信，一時不知如何是好，他非常清楚，觀音山總統(tǒng)府只有50多名衛(wèi)士，所有的武器，就是34支手提機關槍、一萬多發(fā)子彈。隊長姚觀順直接負責保衛(wèi)孫中山與宋慶齡所住的越秀樓，萬一孫中山有何閃失，他將如何向國人交代。

 

16日凌晨1點鐘，已經(jīng)能聽見總統(tǒng)府外的部隊的集結聲和嘈雜聲音了，林直勉等三人再來勸孫中山離開，可是孫中山仍說：“陳炯明膽敢作亂，我便要負平亂之責，如力不如，唯有一死，以謝我四萬萬同胞。”已是凌晨三點，林直勉仍無法勸說孫中山離開總統(tǒng)府，見情勢越來越危急，林直勉只好強挽著孫中山離開了總統(tǒng)府。林直勉在離開總統(tǒng)府之前叮囑馬湘，要調集總統(tǒng)衛(wèi)隊及武裝力量，保衛(wèi)總統(tǒng)府和宋慶齡的安全，盡可能把一些機要文件轉移出來。馬湘自知情況緊急，催促林直勉趕快掩護孫中山離開，他即把電話打給了馬亮。馬亮和劉陽一班人十萬火急地趕到了觀音山，與馬湘的衛(wèi)士們一起作好戰(zhàn)斗的準備。

孫中山從總統(tǒng)府右側的粵秀街走出，他身穿白夏布長衫，戴墨晶眼鏡，很像個醫(yī)生。在街上碰到叛軍，林直勉說：“我的父親患了重病，所以不得不深夜請醫(yī)生到家里診治。”泰然自若的孫中山并沒有引起叛軍懷疑。一路上，他們又數(shù)次與叛軍遭遇，但是孫中山的態(tài)度一直很從容。他們沿著長堤一直走到海珠公園附近，公園是江中心一個不滿1000平方米的小島，當時海軍的總司令部就設立在這里。

孫中山一行雇了小船渡河前往海珠軍部。行至河中時，有哨兵喝止，喊口令，而他們又答不上來。緊急之下，林直勉大聲喊：“我是總司令的朋友，來自總統(tǒng)府，有要事報告。”海軍總司令溫樹德親自出來，林直勉說：“大總統(tǒng)在此。”這才得以登岸。

在孫中山順利撤出之后，總統(tǒng)府外，葉舉命令熊略指揮第二師4000多粵軍圍攻總統(tǒng)府。熊略組織了多次沖鋒均被總統(tǒng)府衛(wèi)隊擊退。伍仁帶著一營兵力，沖在最前面。馬亮、劉陽的手提機槍不停地掃射，最終無法抵擋伍仁的猛烈沖鋒。下午4時，總統(tǒng)府終被占領，財物被搶劫一空，大批文件被燒毀。馬亮和劉陽看著總統(tǒng)府燃起的熊熊火光，心中一陣緊縮。邊打邊往越秀樓靠攏，以接應馬湘他們。

伍仁知道越秀樓是孫中山的居所，指揮士兵拼命沖鋒，卻被馬亮、劉陽的機槍擋了回來。情急之中，伍仁分出兩路人馬，一路由前門佯攻，另一路從后門沖進去。馬亮和劉陽見狀，大吃一驚，趕忙抄起手提機槍，從前門打開一條血路，掩護馬湘和黃惠龍護著宋慶齡從前門逃出來，就當埋伏在附近的粵軍沖過來的時候，馬湘急中生智，把自己手中的50多枚銀元撒在地上，趁叛軍搶錢之時，匆忙躲進了對面小巷的一家開著門的民宅中。伍仁見到那些蜂擁而上的搶錢士兵，開槍擱倒了幾個。大聲罵道：“見錢眼開的，我斃了他，快沖進去，抓孫大炮，重重有賞。”

其實此時的孫中山已轉移到“永豐”艦上，外交總長伍廷芳慌忙前來謁見。孫中山囑伍廷芳盡快把廣州叛亂的情形設法轉告北伐諸軍，想法通知胡漢民、許崇智速回師廣州，平息叛亂，同時將陳炯明等叛亂內情轉告外國駐穗使節(jié)，以爭取國際上的聲援。