洪武元年（１３６８年），中原義軍四起，并且在與元軍的交戰(zhàn)中接連獲勝。而元朝各地將領(lǐng)擁兵自重，內(nèi)訌不斷，元朝廷陷入了孤立無援的狀態(tài)。歷史的天平開始向義軍中勢力最大的朱元璋傾斜——
盡管如此，元軍還有相當(dāng)勢力，不過分散在全國各地各自為政，不能相互呼應(yīng)。在這樣的狀況下，朱元璋麾下大將徐達(dá)提出：由臨清（今屬山東）直搗大都。朱元璋同意了，還親自繪制《征進(jìn)陣圖》交給徐達(dá)。
閏七月初一，徐達(dá)率軍二十萬自中灤（今河南封丘西南）渡黃河，沿御河（今衛(wèi)河），經(jīng)臨清、長蘆（今河北景縣）、通州（今北京通縣），向北挺進(jìn)。一路勢如破竹，銳不可擋，直逼大都城下。
元順帝妥歡貼睦爾見大勢已去，在清寧殿召集三宮后妃和太子愛猷識理達(dá)臘，準(zhǔn)備逃回蒙古老家。七月二十八日半夜三鼓時分，元順帝妥歡貼睦爾攜太子、后妃出建德門，由居庸關(guān)逃往上都開平（今內(nèi)蒙古多倫西北）。由此，創(chuàng)造了中國歷史上外來政權(quán)全身而退的奇跡。
八月初二日（１３６８年９月１４日），徐達(dá)率軍進(jìn)發(fā)大都，至齊化門，令將士負(fù)土填壕，登城而入。徐達(dá)本人親自登上齊化門樓，殺死元朝監(jiān)國宗室淮王帖木兒不花和右丞相張康伯等人，并俘元王子六人，從根本上結(jié)束了元朝在中原的統(tǒng)治。
當(dāng)年，忽必烈派伯顏率軍二十萬滅掉南宋。時間僅過百年，朱元璋派徐達(dá)將蒙古逐回大漠，也是率軍二十萬。不知是不是歷史的巧合？
眾所周知，蒙古的武功一度震驚世界，改變了整個亞洲甚至歐洲大部分地區(qū)的格局。然而，元朝統(tǒng)治中原卻不過百年時間，堪稱中國歷史上罕見的奇事。元朝一共有十一個皇帝，第一個皇帝為元世祖忽必烈，在位三十四年。忽必烈之后，九個皇帝一共只經(jīng)歷了三十八年。這期間，政治陰謀和宮廷斗爭層出不窮。最后一個元順帝，卻在位三十五年。
元順帝妥歡貼睦爾為元明宗長子。即位之初，元順帝受制于文宗皇后卜答失里的家族勢力，“深居宮中，每事無所專”。因為無所事事，元順帝讀了不少漢書，這使成為元朝皇帝中唯一一個對漢文化有所了解的皇帝。后來，元順帝又被立他為帝的權(quán)相伯顏（很多蒙古人用這名字，此非滅宋之伯顏）挾制。甚至在元順帝十五歲時，伯顏當(dāng)面將他的皇后（另一被伯顏清算的權(quán)臣燕貼木兒之女）牽出處死。
此時的元順帝年紀(jì)雖幼，卻頗有心計，表面不動聲色，暗中卻在等待時機(jī)，蓄勢待發(fā)。七年后，元順帝二十歲，利用伯顏的侄子脫脫發(fā)動政變，將伯顏及卜答失里流放，這才成為名副其實的皇帝。大權(quán)在握后，元順帝以脫脫為相，力圖革新朝政。復(fù)行科舉，親試進(jìn)士，招修遼、金、宋三史，頒《至正修格》，印行至正交鈔，治理黃河。然而，蒙古人建立的元朝始終以高壓及歧視政策統(tǒng)治漢人，輕視儒生，從朝廷到地方，各級官吏，多屬無知粗暴貪殘之輩。所以，元朝所面臨的對中原的統(tǒng)治，始終是一個無可奈何的不穩(wěn)定局面，并且逐步惡化，民變蜂起。至正十一年（１３５１年），紅巾軍起事。此時的元順帝，內(nèi)部掣肘于皇太子和皇后奇氏，外部各地方將領(lǐng)又擁兵自重，回天無力，局面終至土崩瓦解。
元順帝北逃回蒙古高原老家后，殘存在中原各地的元軍陷入群龍無首的境地，整個中原戰(zhàn)場發(fā)生了根本性的變化。不久，朱元璋在應(yīng)天（南京）即位，是為明太祖，國號大明。
此時，元順帝雖然被趕出了中原，卻仍然是蒙古帝國的大汗，對蒙古各汗國、部落享有宗主權(quán)。所以，元朝滅亡了，但蒙古帝國的勢力和根基仍然存在。歷史上將這一政權(quán)稱為北元，終明一朝，北元始終對明朝的北部邊疆構(gòu)成強(qiáng)有力的挑戰(zhàn)和威脅。
元順帝北走到應(yīng)昌（今內(nèi)蒙古克什克勝旗達(dá)里諾爾西南），心情十分不好。他是元朝皇帝中接觸中原文化最深的一個，難免不產(chǎn)生“去國懷鄉(xiāng)”的悲涼。雖然他一心想回到中原，但此時明軍兵鋒正健，他始終不能如愿?；氐奖狈讲菰瓋赡旰?，洪武三年（１３７０年）四月，元順帝妥歡貼睦爾因痢疾在應(yīng)昌病逝。
北元退出中原后，蒙古貴族追憶中原的繁華與富庶，仍然一心要重新入主中原，不斷組織力量反攻。明太祖朱元璋為了鞏固自己的統(tǒng)治，對蒙古采取了征討和招撫并用的策略。其結(jié)果，雙方都沒有能夠如愿以償，從而形成了明朝與北元南北對峙的局面。
北元初期，蒙古貴族依靠的力量主要有三支：元河南王擴(kuò)廓帖木兒（原名王保保，本為漢人，為母舅察罕帖木兒收養(yǎng)，元順帝賜蒙古名，意思是抬舉他做蒙古人）率領(lǐng)十余萬軍隊，占據(jù)山西、甘肅方面。北元丞相納哈出擁二十余萬眾據(jù)守遼東。元梁王把匝剌瓦爾密管轄之下的云南還有十余萬軍隊，策應(yīng)北元皇帝的軍事行動。此外，北元與東面的高麗、西面的畏兀兒地區(qū)仍舊保持著政治經(jīng)濟(jì)的聯(lián)系。
洪武三年（１３７０年）四月，駐守在沈兒峪口（今甘肅定西縣北）的擴(kuò)廓帖木兒與明將徐達(dá)和常遇春率領(lǐng)的明軍對峙交戰(zhàn)，雙方互有勝敗。擴(kuò)廓帖木兒手下有人暗中投降了徐達(dá)，約為內(nèi)應(yīng)。當(dāng)夜，徐達(dá)派輕騎暗中偷襲。擴(kuò)廓帖木兒正在帳中讀書，忽然外面喊殺連天。他料知內(nèi)外有變，急忙推案而起，連靴子都不及穿齊，光著一腳跑出帳外，跨上一匹馬飛逃。倉促之間，手下只有十八騎跟隨。擴(kuò)廓帖木兒北渡黃河后，一直逃回到漠北哈拉和林。擴(kuò)廓帖木兒原來所控制的陜西、甘肅一帶，皆被明軍占領(lǐng)。
擴(kuò)廓帖木兒的家屬在這一戰(zhàn)中都被明軍俘虜，妻子妹妹被俘，包括他尚在襁褓中的最小的兒子。為了籠絡(luò)北元勢力，明太祖朱元璋對這些俘虜善加優(yōu)待，還把擴(kuò)廓帖木兒的妹妹嫁給了自己第二個兒子秦王朱樉為秦王妃。
明太祖朱元璋又愛惜擴(kuò)廓帖木兒是北元將帥中最出色的人才，特派李思齊做說客，前往哈拉和林勸說擴(kuò)廓帖木兒投降。
李思齊原是元朝關(guān)中大軍統(tǒng)帥，與擴(kuò)廓帖木兒并稱二員大將，為元朝倚重。后來兵敗鳳翔，為徐達(dá)所困，不得已投降了明朝。但李思齊與擴(kuò)廓帖木兒素有嫌隙，同在元朝為官時便有仇。李思齊與擴(kuò)廓帖木兒的養(yǎng)父察罕帖木兒為同鄉(xiāng)，二人關(guān)系甚好。后來中原群雄并起，反抗元朝。元順帝派軍南下平叛，擴(kuò)廓帖木兒被封河南王，用檄文調(diào)動李思齊兵馬。李思齊見擴(kuò)廓帖木兒在檄文中的語氣甚為無禮，大怒，不聽調(diào)度。擴(kuò)廓帖木兒也大怒。兩方各調(diào)人馬，自己跟自己打了起來。元順帝居中調(diào)和都沒有效果。雙方打了整整一年，大小幾百戰(zhàn)，不分勝負(fù)。元順帝借擴(kuò)廓帖木兒部下倒戈之際，解除了擴(kuò)廓帖木兒的統(tǒng)帥權(quán)。盡管如此，元順帝還是疑忌擴(kuò)廓帖木兒，派皇太子總制天下兵馬，并利用李思齊防備擴(kuò)廓帖木兒。后來，擴(kuò)廓帖木兒被明徐達(dá)圍困在寧夏，曾經(jīng)向當(dāng)時駐防陜西的李思齊求救，懇請他助一臂之力，李思齊卻拒不發(fā)兵。結(jié)果一戰(zhàn)中擴(kuò)廓帖木兒損兵折將，家屬盡被明軍俘虜。
李思齊明知明太祖朱元璋此時派他前往和林諭降，隱有借刀殺人之意，卻不敢違命，硬著頭皮，出使漠北。見面時，擴(kuò)廓帖木兒倒沒有表現(xiàn)出要清算老賬的樣子，以禮相待李思齊。只是當(dāng)李思齊說到招降時，擴(kuò)廓帖木兒不答。李思齊知道此行必然無功，便趕緊辭別。擴(kuò)廓帖木兒特地派騎士送李思齊到塞下。剛要分別，騎士突然說：“主帥有命，請留一物為別。”李思齊道：“我遠(yuǎn)來，無所赍送，怎么辦？”騎士道：“珍玩財寶，我主帥并無所愛，只要你的一條手臂。”李思齊這才知道擴(kuò)廓帖木兒一直沒有忘記舊仇，取自己手臂之意是報復(fù)當(dāng)初他不肯助一臂之力，但勢不可免，只好揮劍砍下自己的左臂?；貋砗蟛痪?，李思齊便因傷重而死。
明太祖朱元璋曾經(jīng)說：“如今天下一家，只有三事未了，掛在心頭。一件少傳國玉璽，一件王保保未擒，一件元太子無音訊。”
元順帝太子愛猷識理達(dá)臘逃到哈拉和林，與擴(kuò)廓帖木兒會合。愛猷識理達(dá)臘隨即在哈拉和林即皇帝位，稱必力克圖汗，年號宣光。他厲兵秣馬，希望有朝一日重登中國皇位。然而，蒙古的軍事力量已經(jīng)衰敗了，不再是從前戰(zhàn)無不勝的鐵騎，北元在與明朝的較量中節(jié)節(jié)敗退，北元主力逐漸北移到哈拉和林一帶。
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