1644年5月，闖王李自成退出北京后，起義軍雖然打了幾次勝仗，可是由于沒(méi)有十分穩(wěn)固的根據(jù)地安身立腳，往往是倉(cāng)促應(yīng)戰(zhàn)，戰(zhàn)敗之后退避三舍，在軍事上常常處于被動(dòng)狀態(tài)，由河北一直退到山西，再由山西退到關(guān)中。在山西作戰(zhàn)時(shí)，李巖率領(lǐng)起義軍兩萬(wàn)人到河南平定叛亂，準(zhǔn)備重整旗鼓，再造新局面。但是大順朝丞相牛金星，卻誣陷李巖回河南是要獨(dú)立稱(chēng)王。

    李自成聽(tīng)信讒言，生了疑心，殺掉了李巖，使起義軍內(nèi)部軍心渙散，士兵們無(wú)心戀戰(zhàn)。這給了清軍可乘之機(jī)，他們兵分兩路追擊，李自成在損失大將的情況下腹背受敵，無(wú)奈從陜北退至湖北。

    第二年5月，在距離江西九江40里處被清軍攻入老營(yíng)，大順軍久歷戰(zhàn)陣，功勛卓著的大將劉宗敏被俘，軍師宋獻(xiàn)策、明軍降將左光先、李自成的兩位叔叔趙侯和襄南侯以及大批隨軍將領(lǐng)家屬也被清軍俘獲。劉宗敏、宋獻(xiàn)策和李自成的兩位叔叔當(dāng)時(shí)就被殺害。就在這個(gè)時(shí)候，大順朝丞相牛金星認(rèn)為大勢(shì)已去，竟然置江山社稷于不顧，不辭而別，開(kāi)了小差，投降了清軍。這對(duì)大順政權(quán)以及軍隊(duì)不能不說(shuō)是一個(gè)致命的打擊。

    大順軍在湖北陽(yáng)新、江西九江連續(xù)遭受重大挫折后，往東的去路已經(jīng)被清軍截?cái)?。他們手中掌握的?shù)萬(wàn)艘船只也被清軍掠奪一空。清朝親王多鐸的部隊(duì)已由河南歸德（商丘）、安徽泗州直趨南京。李自成沿江東下、向安徽一帶發(fā)展的意圖已經(jīng)無(wú)法實(shí)現(xiàn)，不得不掉頭向西南方向進(jìn)軍，準(zhǔn)備穿過(guò)江西西北轉(zhuǎn)入湖南。1645年7月26日，李自成行至湖北通山縣境內(nèi)九宮山下時(shí)，突然遭到當(dāng)?shù)氐刂魑溲b的襲擊。當(dāng)時(shí)跟隨在李自成身邊的只有28名親兵。地主武裝見(jiàn)狀一擁而上，28名戰(zhàn)士先后被殺害，李自成也在激烈的搏斗中壯烈犧牲，時(shí)年僅39歲。

    李自成犧牲后，他的部下一致推選他的侄子李過(guò)做首領(lǐng)，改名李錦，繼續(xù)和清軍進(jìn)行斗爭(zhēng)，但是，因?yàn)槭苤鴷r(shí)代的限制以及階級(jí)本身的局限性，李自成領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民起義軍在取得勝利以后放松了對(duì)敵人的警惕，對(duì)明朝的反動(dòng)殘余勢(shì)力和清朝軍隊(duì)的力量估計(jì)不足，在自身內(nèi)部也產(chǎn)生了矛盾。這些都在不同程度上削弱了自己的力量，在敵人的聯(lián)合進(jìn)攻下終于在1664年失敗了。