1917年9月10日，孫中山在廣州就任軍政府大元帥，并痛斥北京政府拒絕恢復(fù)《臨時約法》和國會，表示要盡大元帥之職，戡定內(nèi)亂。非常國會還選出唐紹儀、伍廷芳、孫洪伊、張開儒、程璧光、胡漢民分任財政、外交、內(nèi)務(wù)、陸軍、海軍、交通各部部長，由孫中山照準任命。同時還任命軍政府秘書長章炳麟，總參謀長李烈鈞，海軍總司令林葆懷，大元帥府新軍總司令李福林，大元帥府參軍長許崇智，軍政府一軍部司令陳炯明，大元帥府高等顧問吳景濂。廣州軍政府成立后，南北形成對峙局面，護法運動正式開始。
段祺瑞借張勛把黎元洪趕下臺，又以“討逆”名義打垮張勛，然后以國務(wù)總理掌握實權(quán)。他后來決定廢棄《臨時約法》和國會，另行召集一個臨時參議院，以達到建立獨裁政權(quán)的目的。孫中山指出，段的做法是“以偽共和易真復(fù)辟”.段只是形式上與袁世凱、張勛不一樣，實質(zhì)上與袁、張無別。7月17日，孫中山偕廖仲愷、朱執(zhí)信等人，率領(lǐng)宣布自主的海軍艦隊到達廣州。國會議員相繼南來。8月25日，南下國會議員在廣州召開非常會議。30日，非常國會通過《軍政府組織大綱》。9月1日，非常國會選舉孫中山為大元帥。孫中山就職以后，即宣布段祺瑞為民國叛逆，興師北伐，開始維護《臨時約法》的護法戰(zhàn)爭。
